Salaire : comprendre vos droits d'indemnisation en cas d’arrêt de longue durée

L'arrêt maladie entraîne la suspension du contrat de travail. Cela a donc des conséquences sur la rémunération. Si vous êtes affilié au régime général*, pendant un arrêt de travail longue durée, vous ne percevrez pas votre salaire classique mais des indemnités de Sécurité sociale. Quelles en sont les conditions ? Quel en est le montant ? L’employeur complète-t-il la perte de salaire ? ALLO Alex vous éclaire…

L'indemnisation prévue par la Sécurité sociale

La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS) aux actifs ou aux chômeurs inscrits à France Travail confrontés à un arrêt de travail longue durée. Ces indemnités sont destinées à compenser le salaire ou les allocations que la personne ne touche plus parce que son état de santé l’empêche de travailler. Après six mois d’arrêt maladie, les conditions à respecter pour maintenir ces indemnités se renforcent. Il convient de justifier :

– d’une affiliation à la Sécurité sociale depuis 12 mois ou plus ;

– d’avoir travaillé, durant les 365 jours avant la date de votre arrêt, au moins 600 heures ou d’avoir cotisé pendant cette période de 12 mois précédant votre arrêt sur la base d’une rémunération au moins égale à 2030 fois le montant du Smic horaire fixé au début de cette période, soit 24 116,40 €, s'il on se base au Smic horaire au 1er janvier 2025.

Le montant des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale est ensuite calculé par rapport au salaire journalier de base et dans la limite de 41,47 € bruts par jour. (Le salaire qui est pris en compte pour calculer le revenu journalier de base est plafonné à 1,4 fois** le montant du Smic mensuel en vigueur le mois précédent l'arrêt.) Un délai de carence s’applique aussi ; c'est-à-dire que les indemnités ne sont pas versées pour les 3 premiers jours d’un arrêt de travail sauf exceptions :

– pour une affection longue durée (ALD), ce délai de carence n’est appliqué qu’au premier arrêt de travail de la période d’ALD, – lorsque la reprise d’activité entre deux arrêts de travail n’a pas dépassé 48 heures (tolérance administrative).

L’employeur peut percevoir directement les indemnités journalières de son salarié, qu’il lui reversera ensuite comme son salaire. C’est ce qu’on appelle « la subrogation ». L’employeur continue alors de verser le salaire, partiellement ou en totalité, sans que le salarié n’ait à effectuer aucune démarche. Renseignez-vous auprès de votre entreprise.

Les indemnités complémentaires de l’employeur

Afin d’éviter une baisse de ressources trop importante pendant l’arrêt maladie, l’entreprise peut compléter les indemnités journalières de Sécurité sociale. Celle-ci étant dans l’obligation d’assurer en cas d’absence au travail due à une incapacité de maladie ou d’accident, selon certaines conditions, au moins un maintien partiel de votre salaire, selon la loi dite de Mensualisation du 19 janvier 1978 du Code du travail.

Comme le précise la loi L. 1226-1 du Code du travail, les salariés ayant un an d’ancienneté au premier jour d’absence (hors saisonniers, intermittents, salariés travaillant à domicile ou salariés temporaires), bénéficient alors d’une indemnité complémentaire à l’allocation journalière de Sécurité sociale, à condition :

– d'avoir transmis le certificat d’arrêt médical à l’employeur dans les 48 heures ; – de percevoir les indemnités de la Sécurité sociale (IJSS) ; – d’être soigné sur le territoire français ou dans l’un des États membres de l’espace économique européen (EEE).

La durée d’indemnisation complémentaire obligatoire est comprise entre 60 et 180 jours, selon votre ancienneté et le versement commence le 8e jour de l’arrêt de travail ou dès le 1er jour en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle.

Durant la première moitié de la période couverte (entre 30 et 90 jours selon votre ancienneté), l’indemnité complémentaire prévue par l’employeur permet au salarié de percevoir 90 % de la rémunération brute perçue s’il avait travaillé. Durant la seconde moitié de cette période, cette indemnité complémentaire permettra de bénéficier de 66 % de la rémunération brute.

Pour calculer le montant versé par l’employeur il faut déduire les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) et si c’est le cas, les prestations du régime complémentaire de prévoyance souscrit par l’employeur.

À noter : la convention collective, un accord collectif ou de branche ou le contrat de travail peuvent prévoir des dispositions plus favorables, comme le maintien intégral du salaire ou l'absence de jours de carence par exemple. Renseignez-vous auprès de votre entreprise : les ressources humaines ou le CSE.

En complément des indemnités de Sécurité sociale et du complément de salaire prévu par l’employeur, la garantie prévoyance peut permettre de maintenir les revenus du travailleur et le confort de vie de son foyer. Il peut s’agir d’une garantie complémentaire prévue par l’entreprise (prévoyance collective) ou d’une garantie complémentaire propre au salarié (prévoyance individuelle).

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*Si vous êtes agent de la fonction publique ou contractuel, retrouvez dès à présent ci-dessous des ressources utiles et retrouvez également notre article sur les différents arrêts maladie de la fonction publique et leur indemnisation.

**1,4 fois le Smic mensuel (depuis le 1er avril 2025 le plafond a été modifié, soit 2 522,57 € – contre 3 242,31 € avec le plafond de 1,8 fois le Smic précédemment appliqué (Service-public.fr : « Indemnisation des arrêts maladie : quels changements dans les secteurs public et privé ? », 4 mars 2025)

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Sources :

– Service-public.fr : « Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié », 1er avril 2025 [consulté le 24 juin 2025]

– Ameli.fr : « Arrêt maladie : les démarches du salarié », 7 mai 2025 [consulté le 24 juin 2025]

Ressources complémentaires :

– Service-public.fr : « Assurer un prêt immobilier : que sont la garantie décès, invalidité, incapacité ? », 2 mai 2024 [consulté le 24 juin 2025]

Ressources complémentaires concernant la fonction publique :

Service-public.fr :

– « Congé de longue maladie (CLM) d'un fonctionnaire », vérifié le 1er septembre 2024 [consulté le 24 juin 2025]

– « Congé de longue durée (CLD) d'un fonctionnaire », vérifié le 1er septembre 2024 [consulté le 24 juin 2025]

– « Congé de maladie d'un agent contractuel de la fonction publique », vérifié le 1er mars 2025 [consulté le 24 juin 2025]

Crédit photo : Canva